La Penitenciaría del Litoral enfrenta una emergencia humanitaria crítica caracterizada por un incremento sostenido de fallecimientos derivados de la desnutrición y la tuberculosis, sumado a una gestión ineficiente que permite la permanencia de cadáveres en las celdas durante días.

Pese a contar con una doble protección jurídica mediante medidas cautelares de la CIDH y una acción de protección local, el Estado ecuatoriano no ha logrado contener las muertes silenciosas bajo su custodia. Actualmente, una Mesa de Emergencia Penitenciaria de carácter obligatorio se perfila como la última instancia administrativa para implementar soluciones estructurales antes de que el caso escale a la Corte Interamericana de Derechos Humanos.

El hallazgo de internos fallecidos en condiciones de abandono se ha convertido en una constante en el complejo carcelario de Guayaquil. El pasado 3 de diciembre de 2026, el personal del centro solicitó con urgencia la intervención de Medicina Legal para retirar el cuerpo de un recluso que permaneció un día entero en su celda.

Según el Comité Permanente por la Defensa de los Derechos Humanos (CDH), esta situación es recurrente; los decesos por causas naturales o enfermedades crónicas suelen detectarse solo durante la distribución de alimentos, generando focos infecciosos que agravan el brote de tuberculosis y los cuadros de desnutrición severa que afectan a la población penitenciaria.

Desde la implementación del Decreto Ejecutivo 218 en 2024, que designó a las cárceles como zonas de seguridad, las Fuerzas Armadas han asumido el control operativo y administrativo. Esta militarización ha desplazado las funciones del personal civil del SNAI, restringiendo servicios básicos como la atención médica y la logística de alimentación.

Organizaciones de derechos humanos señalan que la falta de experticia militar en gestión de salud ha provocado que decisiones técnicas queden supeditadas a mandos superiores, bloqueando la ejecución de protocolos sanitarios urgentes y perpetuando condiciones que expertos califican como posibles crímenes de lesa humanidad debido a la sistematicidad de las muertes.

A diferencia de intentos previos, la actual Mesa de Emergencia Penitenciaria, ordenada por la justicia ecuatoriana y reforzada por la CIDH, posee un carácter vinculante que impide a los funcionarios alegar consultas jerárquicas para evitar la toma de decisiones. El Estado tiene un plazo de 15 días, a partir del 5 de enero de 2026, para presentar un informe detallado a la CIDH sobre las medidas adoptadas y la posible autorización de una visita internacional. En 2025, la Penitenciaría registró aproximadamente 600 fallecimientos, una cifra que supera las víctimas de las masacres carcelarias ocurridas entre 2021 y 2024, evidenciando que la crisis ha mutado hacia una emergencia epidemiológica y de subsistencia básica.